Jauh sebelum pembentukan Barito Kuala menjadi Kabupaten, di wilayah tersebut sejak tahun 1950 telah ada Kantor urusan Agama Kecamatan Bakumpai (termasuk dalam wilayah kewedanan Marabahan yang merupakan bagian dari Kabupaten Banjar) dengan pejabat KUA Alm. KH. MUHAMMAD BASIYUNI yang juga merangkap sebagai ketua kerapatan Qadhi Marabahan, beliau saat itu dibantu oleh satu – stunya staf yakni M. MAHYUNI MA’ARUF. Baru pada tahun 1952 dan 1955 karyawannya bertambah sebanyak 3 (tiga) orang yaitu : ASRANUDDIN,G, M. DARMANSYAH M DAN M. MUKRI.
Dalam melaksanakan kegiatan sehari – hari, KUA Kecamatan Bakumpai meminjam tempat disalah satu ruang rumah kediaman M. MAHYUNI MA’RUF (Jl. Panglima Wangkang – Marabahan)keadaan ini berlangsung hingga tahun 1961.
Satu tahun setelah terbentuknya Kabupaten Barito Kuala ( 4 Januari 1960) yakni pada tahun 1961 istilah Kantor Urusan Agama Kecamatan Bakumpai diresmikan menjadi Kantor Urusan Agama Daerah Tingkat II Kabupaten Barito Kuala. dengan tetap mempertahankan keberadaan KUA Kecamatan Bakumpai. Sedangkan KUA Daerah Tingkat II Kabupaten Barito Kuala ini dalam kesehariannya berkantor didesa Penghulu menempati bangunan eks bangunan SMP KKB (Kerukunan Keluarga Bakumpai) yaitu sebagian bangunan rumah kediaman H. IMBERAN AZIS hingga tahun 1963
Pada tahun 1963 sampai dengan tahun 1966, KUA Daerah Tingkat II Kabupaten Barito Kuala pindah kantor dan menempati ruangan (baca; Sekretariat) disamping kiri Masjid Agung Al Anwar Marabahan kemudian tahun 1966 KUA Daerah Tingkat II pindah lagi kegedung baru; bersama – sama dengan KUA Kec. Bakumpai yakni menempati bangunan yang sekarang digunakan oleh KUA Kec. Marabahan (Jl. A. Yani Marabahan / sekarang seberang terminal Marabahan)
Selanjutnya pada tahun 1970, seiring dengan penyebutan Kementerian Agama menjadi Departemen Agama, maka istilah KUA Daerah Tingkat II (Dati II) diubah menjadi Kantor Perwakilan Depatemen Agama (PERDEPAG) Kabupaten Barito Kuala. Setahun kemudian, yakni pada tahun 1971 bergabung pula inspeksi Pendidikan Agama Islam dan Inspeksi Penerangan Agama. Hal ini dimaksudkan agar bidang tugas Perdepag lebih luas; tidak hanya mengurusi ke-Urais-an, tetapi juga mencakup urusan Pendidikan Agama dan Penerangan Agama.
Kenudian pada tahun 1973, istilah Kantor Perwakilan Departemen Agama ini diganti menjadi Kantor Depatemen Agama Kabupaten Barito Kuala; yang mulai tahun 1979, menempati gedung kantor baru yang terletak di Jl. Jenderal Sudirman no. 13 Marabahan hingga sekarang
Dalam perkembangan selanjutnya istilah penyebutan Departemen Agama berubah lagi pada tahun 2010 menjadi Kementerian Agama sehingga Kantor Departemen Agama Kabupaten Barito Kuala juga berubah menjadi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Barito Kuala.
